Museum Vrolik beheert ook circa 200 stuks aan diverse bijzondere objecten uit de geschiedenis van het AMC-ziekenhuis en haar voorgangers. Het gaat hier bijvoorbeeld om objecten als de oude klok van het Buitengasthuis, historische brancards uit het Binnengasthuis, servies van het Wilhelminagasthuis en bijzondere fotoboeken van medische hoogleraren.

Onze tandheelkundige collectie is verzameld door de tandartsen Grevers en De Jonge Cohen, en door de anatoom Bolk. De collectie Grevers bestaat uit 30 rekken wasplaten met door ziekten aangetaste tanden en verder een klein aantal schedels, historische kunstgebitten en tangen. De Jonge Cohen verzamelde 260 gipsafgietsels van afwijkende gebitten en Bolk 350 kaken met gebitsafwijkingen.

Het grootste gedeelte van de collectie instrumenten van Museum Vrolik bestaat uit circa 500 instrumenten, gebruikt voor het praktisch onderwijs in de fysiologie aan de Universiteit van Amsterdam in de eerste helft van de twintigste eeuw. Een kleinere collectie bestaat uit instrumenten voor embryologisch onderzoek, zoals microtomen en microscopen.

Met 3300 items is de bottencollectie een van de grootste collecties van Museum Vrolik. De oudste collecties zijn die van Hovius, Bonn en Gerard Vrolik. Ze bestaan vooral uit botten aangetast door ziekten als syfilis, tbc en rachitis. Verder zijn er 1150 menselijke schedels, waarvan 330 ‘rassenschedels’, verzameld door vader en zoon Vrolik en Bolk voor onderzoek naar het vermeende bestaan van ‘mensenrassen’.

Museum Vrolik bezit 840 preparaten van foetussen en pasgeborenen, van wie het grootste gedeelte aangeboren afwijkingen heeft. Deze collectie is relatief klein, maar is zeer bepalend voor het karakter van het museum. De anatoom die de meeste aangeboren afwijkingen verworven heeft was Willem Vrolik. Hij bewaarde niet alleen foetussen op sterk water, maar ook gedroogde skeletjes en schedels.

De belangrijkste verzamelaars van dierlijke skeletten en schedels waren vader en zoon Vrolik, en hun opvolgers Berlin, Fürbringer, Ruge en Bolk. Zo bracht alleen Bolk al 740 apenschedels bijeen. In 2018 werd Museum Vrolik eigenaar van de collectie van het zoölogisch laboratorium (UvA). De oudste stukken hiervan waren beauchêne-schedels van dieren (zie de foto hiernaast), die in 1856 door Willem Vrolik waren aangeschaft.

De oudste preparaten van dieren zijn afkomstig van de collectie Vrolik, vooral verzameld door Willem en veelal afkomstig uit Artis. Ook de anatomen Berlin, Fürbringer, Ruge en Bolk verzamelden een groot aantal dierlijke preparaten. In 2018 werd Museum Vrolik eigenaar van 1550 dierlijke preparaten uit het zoölogisch laboratorium van de UvA. De bekendste verzamelaar ervan was de zoöloog Max Weber.

De 1230 menselijke preparaten behoren tot de kern van de collectie van Museum Vrolik, en zijn verzameld tussen circa 1750 en 1954. De oudste preparaten, voorbeelden van ziektekundige anatomie, zijn afkomstig van Bonn, Gerard Vrolik en de Klinische School (1835-1865). Later maakten Fürbringer, Ruge, Bolk en Woerdeman ook veel preparaten van gezonde lichaamsdelen, voor het anatomisch onderwijs.

De 1620 vloeistofpreparaten van planten, in 2012 aan Museum Vrolik geschonken, zijn verzameld door hoogleraren botanie zoals Gerard Vrolik, Oudemans en De Vries. De planten komen uit de Amsterdamse Hortus Botanicus – eeuwenlang de plaats van de Amsterdamse plantkunde. In de collectie bevinden zich een aantal preparaten van teunisbloemen, verzameld door De Vries in het kader van zijn wereldberoemde onderzoek naar mutaties.

De oudste gipsen in de collectie zijn afgietsels van lichaamsdelen met aandoeningen. Daarnaast telt het museum 150 gekochte gipsmodellen van schedels van fossiele mensachtigen, en 55 anatomiemodellen, waarvan 18 gemaakt door Blumenthal. Een aparte vermelding behoeven de antropologische gipsmodellen: 17 ‘rassenbustes’ van Willem Vrolik en 140 gipsmaskers van bewoners van Nias en Sumatra, geschonken door Kleiweg de Zwaan.

De collectie hersencoupes telt circa 22.000 flinterdunne plakjes gekleurde hersens van vele soorten gewervelden, bewaard in 1760 lades. De verzameling werd tussen 1909 en 1945 aangelegd door C.U. Ariëns Kappers, de eerste directeur van het Nederlands Herseninstituut. Ook verzamelde hij dierlijke hersens op vloeistof. De collectie werd in 2015 door het Herseninstituut aan Museum Vrolik geschonken.

De meeste van de 410 wasmodellen van Museum Vrolik dienden voor het onderwijs en onderzoek naar embryonale ontwikkeling. Veel modellen werden tussen 1868 en 1930 gekocht bij modelleur Ziegler in Duitsland. Vanaf 1906 werden door de onderwijsassistenten zelf ook embryomodellen gemaakt uit dunne opgestapelde plakjes bijenwas. Zeer spectaculair zijn vijf wasmodellen van complete menselijke torso’s.